1 Valentino Rossi ITA Fiat Yamaha Team 1.36.025
2 Dani Pedrosa SPA Repsol Honda 1.36.110
3 Jorge Lorenzo SPA Fiat Yamaha Team 1.36.393
4 Casey Stoner AUS Ducati Marlboro Team 1.36.633
5 Colin Edwards UNI Monster Yamaha Tech 3 1.36.760
6 Loris Capirossi ITA Rizla Suzuki MotoGP 1.36.953
7 Chris Vermeulen AUS Rizla Suzuki MotoGP 1.37.194
8 Andrea Dovizioso ITA Repsol Honda 1.37.237
9 James Toseland ING Monster Yamaha Tech 3 1.37.323
10 Randy De Puniet FRA LCR Honda MotoGP 1.37.473
11 Alex De Angelis SAN San Carlo Honda Gresini 1.37.637
12 Mika Kallio FIN Pramac Racing 1.37.749
13 Nicky Hayden UNI Ducati Marlboro Team 1.37.759
14 Marco Melandri ITA Hayate Racing Team 1.37.948
15 Toni Elias SPA San Carlo Honda Gresini 1.38.136
Nulla da fare. Quando il Dottore decide di partire, nonce n’è per nessuno. La pole polition di Assen 2009 è tutta di Valentino Rossi che è riuscito a dare la paga ai diretti avversari con un giro da fenomeno: 1’36.025 per il 46Yamaha, bravo a tenere al meglio la moto in ogni angolo del circuito e a giocarsi nel migliore dei modi ogni curva e qualunque traiettoria.